Fort de sa victoire aux côtés des réformateurs du domaine de Chôshû, Manji se voit confier une nouvelle mission par Takasugi Shinsaku : escorter leur allié Katsura Kogorô. Mais une embuscade tendue par Sasaki Tadasaburô, agent du shogunat, l'amène à passer une alliance de fortune avec la petite Ayame Buran et les espionnes d'une faction rivale. L'occasion pour lui d'en apprendre enfin plus sur le passé de la scientifique prodige et sur les secrets de l'immortalité.